Остаточные невязки. Что делать?

Боюсь, что именно этой методикой, изложенной в публикации, воспользоваться будет довольно сложно. Да и сама методика не без изъянов.
Не знаю, заметили ли вы, что в публикации анализируется главным образом однородность ГГС, к которой привязывались пункты ПДБС, а качество самой сети ПДБС- где-то за скобками. А чего там в старой ГГС анализировать, искать сантиметры, когда заполняющая сеть(3 и 4кл) имеет погрешности взаимного положения в несколько дециметров. Ну разве, что отбраковать "грубые пункты".Сантиметры можно было бы искать, если бы пункты ПДБС привязывались только к пунктам АГС(1 и 2кл). Потом еще один интересный факт: анализируемых кластеров 36. Т.е. практически столько же, сколько пунктов ПДБС(их 31), и анализу подвергаются пункты ГГС, к которым привязаны ПДБС. Маловато будет...
Поэтому, подумавши скажу, что не вдохновляют ни методика, ни картинки с векторами и поворотами, полученные при анализе. Мне сейчас видится, что в вашем случае вполне уместна была бы технология анализа, о которой вы сами сказали - NTv2, или подобная.