Оказывается в «Сведения о земельных участках, передаваемых с районного на региональный уровень» координаты в декартовой СК, а не как в геодезии. Изменил.
Обнаружил описание пространственной составляющей ЗУ состоящей из двух контурочков (типа основной и внутренний, не многоконтурный), где у второго контура X и Y перепутаны! Они такие же как у первого контура, но поменяны местами. Теперь есть проверка с сообщением в логе.
Подробнее тут
Конвертер из Росреестровского XML в ESRI shape или MID/MIF 11.05
Конвертер из Росреестровского XML в ESRI shape или MID/MIF. Кроссплатформенный на Java