Нет такого опыта конечно нет - ситуация, мягко говоря, не стандартная. Но свои рассуждения попробую привести. Как я понял, здания разные конструктивно, строили разные застройщики и прочее.
Просто если стены парковки - то фундамент надземного здания, то конечно одно здание и ставить его надо одним, а потом формировать два нежилых помещения. Такой вариант самый простой.
Если не подходит, то можно попробовать поставить здание как подземное сооружение - без координат. На форуме была тема там есть рекомендации , смысл в том что сам делаешь желательно подробную схему расположения здания на участке и в заключении просишь, чтобы ее включили на второй лист кадастрового паспорта. Ну а надземное здание в таком случае ставить как обычно.
Комментарии в профиле от darya-kharuk