Если в программе обоснуете использование одной нормально привязанной базы, для привязки остальных пунктов, если заказчик эту программу согласует, то вопросов от экспертизы не должно быть.
Такое ощущение что у Вас программа работ пишется после выполнения работ, а не до. Как Вы обоснуте в Программе работ если у Вас нет не одного измерения? Риторический вопрос: "А если Заказчик согласовал программу работ с указанием что использование 4 плановых и 5 высотных опорных точек. А потом просто письмом написал, что необходимо также использовать Базовую станцию - такую." Что делать будете?