Исправлять пересечения с соседними ЗУ и прописать в заключении, почему адрес в старом свидетельстве не соответствует границам населенного пункта в настоящий момент. Можно и не писать об этом ничего, т.к. адреса проверять - не задача регистратора, но так будет быстрее.
Вы наверное указали кадастровый квартал населенного пункта, а если участок попадает в сельхозку, то и номер кадастрового квартала - сельхозки, и еще в заключении кадастрового инженера прописать, это если границы населенных пунктов не уточнены.